Servicio de Análisis Genómico de Gallinas y Pollos

Se requiere contratar un Servicio de Análisis Genómico por la resecuenciación a una profundidad de cobertura moderada del genoma completo de 215 muestras de ADN de gallinas y pollos. Concretamente, las muestras se resecuenciarán a una profundidad de 23 Gb por genoma en fragmentos cortos (150 par de bases) de doble lectura por extremos (paired-reads) en 215 gallinas y pollos a partir del ADN aislado de muestras de sangre. El servicio contratado incluirá la comprobación de la cantidad y calidad del ADN en las muestras y la preparación del ADN genómico en librerías de trabajo PCR-free (isothermic amplification) y la secuenciación se realizará con una plataforma NovaSeq 6000 (Illumina) , DNBseq (BGI) o equivalente. Las muestras procederán de individuos de las razas autóctonas catalanas Penedesenca (variedades tradicionales y línea mejorada), Prat (variedades tradicionales y línea mejorada), Empordanesa (variedades tradicionales y línea mejorada), Flor de Almendro y Pairal, así como de pollos de engorde de producción intensiva tipo broiler como grupo externo. Los animales se encuentran referenciados en el libro genealógico de la raza cuando esta información está disponible. En 2019 se inició la secuenciación del genoma completo de un subconjunto de 21 gallinas y pollos de las razas Penedesenca (7 de línea tradicional y 7 de línea mejorada) y Flor d'Ametller (7), así como 7 pollos de producción intensiva. Una vez analizados los resultados y ante la necesidad de ampliar el estudio genético a otras razas autóctonas catalanas para satisfacer los objetivos de investigación planteados en el proyecto que responde a este contrato de servicios, manifestamos la necesidad de secuenciar el genoma completo de 215 gallinas y pollos más, con el fin de aumentar el tamaño de la muestra y por tanto la potencia de los análisis estadísticos. Así, las muestras que ahora se analizan tienen por objetivo añadirse a las previamente secuenciadas para realizar un análisis conjunto con el total de genomas secuenciales